这是一段攻壳机动队成立前夕鲜为人知而又影响深远的故事。2027年6月6日的一天，隶属陆军机密部队501机关的真室中佐（宫内敦士 配音）在闹市街头被人杀害，此前他曾陷入军火买卖的贿赂丑闻不得脱身，他对死亡背后自然隐藏着无数谜团。阴雨之夜，试图取回真室电子脑的公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）与生化人草薙素子（坂本真绫 配音）在真室中佐的墓地首次相遇。此时草薙还只是501机关负责网络犯罪追查的军人，此行她希望找到倍为尊重的中佐蒙冤以及遇害背后的真相。谁知，棺木中的中佐早已不见了踪影。在此之后，她受到荒卷委托展开调查，并在一连串凶险追查的过程中与前特种部队成员巴特（松田健一郎 配音）和时为新滨县刑警的陀古萨（新垣樽助 配音）邂逅。扑朔迷离的案情，草薙一行被引向未知的彼方…… 本片根据士郎正宗的原作改编。
演员：佐藤利奈 新井里美 丰崎爱生 伊藤加奈惠 阿部敦 冈本信彦 佐佐木望 野水伊织 寿美菜子 户松遥 南条爱乃 植田佳奈 福圆美里 柚木凉香 浅仓杏美 津田美波 花泽香菜 佐藤聪美 竹达彩奈 麻仓桃 木户衣吹 山崎遥 川原庆久 川田绅司 仲野裕 生天目仁美 甲斐田裕子 远藤绫 林和良 铃木达央 沼仓爱美 金元寿子 叶山郁美 间岛淳司 小清水亚美 内田真礼 洲崎绫 赤崎千夏 村川梨衣 井口裕香 青山穰 高冈瓶瓶 石川界人 岛崎信长 松冈祯丞 花江夏树 村田太志 田丸笃志 竹内荣治 岩泽俊树 柳田淳一 金本凉辅
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演员：绪方惠美 日笠阳子 斋藤千和 松风雅也 鳕子 水濑祈 江口拓也 本乡奏多 钉宫理惠 三宅健太 诹访部顺一 中原麻衣 藤田咲 藤原启治 森川智之 柴田秀胜
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