继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：普娜·贾甘纳坦 阿西夫·阿里 萨加尔·谢赫 Shahjehan Khan Jake Prizant 阿查尔·乌斯曼 Frank Rizzo 艾哈迈德·卢坎 John Fiorentino Huy Nguyen Zimbo Gessert Zainne Saleh 亚历山德拉·鲁迪 Will Truong Tim Metzler Brian Walsh Monty Bankston 伊克博·塞巴 Alexandra Anaya Green 乌斯曼·阿利 莉莉·苏利文
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演员：叶莲娜·利亚多娃 斯塔西亚·米洛斯拉夫斯卡娅 安娜·奇波夫斯卡娅 亚历山德拉·雷贝诺克 玛丽娜·瓦西里娃 尤里亚·凯林娜 Anna Sobolevskaya Alisa Rudenko Alisa Kretova Marta Evstigneeva Ilya Kondratenko
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演员：黛博拉·法拉贝拉 泰丝·阿劳茹 莱昂德拉·利尔 卡米拉•皮坦佳 泰娜·朵德 维多·提勒 乔昆姆·德·阿尔梅达 利马·杜阿尔特 莱昂纳多·梅德罗斯 拉萨罗·拉莫斯 丹尼尔·德·奥利维拉 亚历桑德雷·罗德里格斯 Cacá Amaral 哈维尔·安德拉奇 Barroso Ravel Cabral Georgette Fadel Georgette Fadel César Ferrario 布鲁诺·高亚 Daniel Infantini 哈法埃尔·罗索 Rafael Losso 布鲁诺·帕基利亚 Bella Pi
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